《爆炸吧巨棒!》是一部无厘头搞笑与热血战斗相结合的特摄风格漫画。故事发生在一个被“弱化怪兽”入侵的和平城市，这些怪兽不搞破坏，专门吸走人们的干劲和热情。主角是便利店店员山田太郎，一次偶然捡到了一根自称来自“巨棒星”的搞笑外星神器——一根会说相声的金属棒球棒。只要山田说出足够冷的笑话，巨棒就能释放出“爆炸性”的能量波，驱散怪兽。山田被迫成为“冷笑话战士”，用最尴尬的段子拯救城市的每一天。
城市最强大的“干劲吸收怪”出现，全城陷入死寂。山田站上电视塔顶，说了一个关于“巨棒”和“灯泡”的史上最冷双关笑话。冷笑话的能量引发了宇宙级的“爆炸”，怪兽在笑与泪中消散。山田本以为可以回归平凡，却发现巨棒变成了一个婴儿，抱住了他的腿。
一只“弱化怪兽”在被打败前，流着泪告诉山田，它们其实是被邪恶宇宙人改造的“热情星人”，本性是传播快乐的。山田听完，第一次没有用巨棒攻击，而是对着怪兽讲了一个超长无聊故事，结果怪兽被“无聊”到变回了原形，成了他的新朋友。
城市举办“全国冷笑话大赛”，山田被迫参赛。对手是专业搞笑艺人，山田的土味段子被全场嘘声淹没。但在决赛时刻，一只怪兽突然闯入，只有山田的“尴尬冷笑话”能克制它。当他结结巴巴说完，全场在沉默三秒后爆发出大笑，怪兽也被“笑”飞了。
巨棒突然无法说话了，山田只能靠自己。面对袭来的怪兽，他手忙脚乱地把自己想到的所有蠢话都喊了出来。意外的是，这些毫无逻辑的话语形成了“混沌能量波”，效果比冷笑话还强。巨棒康复后吐槽：“你的大脑比我的能量还危险。”
人气偶像藤原小百合被怪兽吸走了“舞台热情”，在台上如木偶般僵硬。山田受邀用冷笑话解救她。他讲了一个关于“偶像和萝卜”的奇妙比喻，小百合在憋笑中找回感觉，顺带用临场发挥的段子救场，反而收获了一波更热烈的掌声。
山田太郎在值夜班时，遇到了一只啃食“顾客热情”的透明怪兽。情急之下，他抄起店里的促销赠品——一根印着“巨棒”字样的充气棒槌，对着怪兽说了一句：“您要加热吗？这有微波炉。” 结果怪兽竟然笑着消失了，同时充气棒槌发出了机械音：“不错，你很有天赋。”